แต่โครงการนี้ก็เป็นโครงการที่อื้อฉาวที่สุด อบอวลด้วยกลิ่นอายการทุจริตด้วยเช่นกัน

โครงการดังกล่าวได้รับอนุมัติอย่างเป็นทางการตั้งแต่ปี 2538 ต่อมานายยิ่งพันธ์ มนะสิการ อดีต รมว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ที่มีการเซ็นสัญญาโครงการบำบัดนำเสียกับผู้รับเหมา ในเดือนสิงหาคม 2540 แต่ชาวบ้านในพื้นที่ตั้งโครงการเพิ่งรู้เมื่อปี 2542 จึงเคลื่อนไหวคัดค้านจนขยายไปสู่การตรวจสอบการทุจริตคอรัปชั่น

อนุกรรมการไต่สวนการทุจริตที่ดินในโครงการบ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่าน ของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) ชี้มูลความผิดมีชื่อนักการเมืองเข้าไปเกี่ยวข้องในฐานะเป็นผู้อนุมัติ 3 คน ได้แก่ นายยิ่งพันธ์ ซึ่งเสียชีวิตแล้ว นายสุวัจน์ ลิปตพัลลภ อดีต รมช.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี นายวัฒนา อัศวเหม อดีต รมช.มหาดไทย ถูกกล่าวหาว่าซื้อที่ดินแล้วนำมาขายต่อให้โครงการสมัยที่ดำรงตำแหน่ง

14 มิถุนายน 2550 ป.ป.ช.มีมติชี้มูลความผิดนายวัฒนา ส่งให้อัยการสูงสุด ฟ้องศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ระบุว่าใช้อำนาจหน้าที่ขณะเป็น รมช.มหาดไทย บังคับข่มขืนใจ หรือจูงใจให้ราษฎรขายที่ดินให้และบีบบังคับเจ้าหน้าที่ที่ดินออกโฉนดจำนวน 17 แปลง รวมพื้นที่ 1,900 ไร่ เพื่อนำไปขายให้กรมควบคุมมลพิษ

ที่ดินดังกล่าวเป็นป่าชายเลนและที่เทขยะมูลฝอย ซึ่งเป็นที่สงวนหวงห้าม มีการซื้อขายจากชาวบ้านเปลี่ยนมือกันมาแล้วหลายทอด ต่อมาบริษัท ปาล์มบีช ดีเวลลอปเม้นท์ ที่มีนายสมลักษณ์ อัศวเหม และนายปรีชา เลาหพงศ์ชนะ ร่วมเป็นกรรมการ ก็เข้ามาซื้อต่ออีกทอดหนึ่ง โดยรวบรวมที่ดินของบริษัท แร่ลานทอง ของนายวัฒนา นายสมพร อัศวเหม และนายมั่น พัธโนทัย และพื้นที่ใกล้เคียงเข้าไว้ด้วยกัน ก่อนที่ดินผืนนี้จะถูกนำไปจำนองกับธนาคารไทยพาณิชย์และตกถึงมือบริษัท คลองด่านมารีน แอนด์ ฟิชเชอรี่ ที่ซื้อไว้ในราคา 563 ล้านบาท

สุดท้ายที่ดินทั้งหมด ถูกกรมควบคุมมลพิษเข้าไปซื้อในราคา 1,900 ล้านบาท

13 พฤศจิกายน 2550 ม.ล.ไกรฤกษ์ เกษมสันต์ ผู้พิพากษาเจ้าของสำนวนคดีทุจริตที่ดินคลองด่าน พร้อมองค์คณะผู้พิพากษารวม 9 คน ออกนั่งบัลลังก์นัดพิจารณาครั้งแรก ในคดีที่นายวัฒนา มีความผิดฐานเป็นเจ้าหน้าที่ปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 148, 157, 33 และ 84 และ พ.ร.บ.ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ พ.ศ. 2542 มาตรา 2 มีโทษจำคุกตั้งแต่ 5-20 ปี หรือจำคุกตลอดชีวิต และปรับ 2,000-40,000 บาท หรือประหารชีวิต

12 กุมภาพันธ์ 2551 ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง นัดสืบพยานโจทก์นัดแรก และสืบพยานจำเลยวันที่ 28 มีนาคม 2551

17 เมษายน ศาลนัดไต่สวนพยานจำเลยครั้งสุดท้าย นายวัฒนา เดินทางมาร่วมการพิจารณาคดีเป็นครั้งแรก หลังจากขอเลื่อนเข้าไต่สวนมาแล้ว 4 ครั้ง ด้วยข้ออ้างป่วย มีอาการสับสนเฉียบพลัน หลงลืม สูญเสียความทรงจำชั่วคราว เนื่องจากอาการโรคเส้นเลือดอุดตันที่ก้านสมอง

นายวัฒนา ให้สัมภาษณ์ว่าถูกอดีตรัฐบาลกลั่นแกล้งเพื่อบีบบังคับให้เข้าสังกัดพรรคการเมือง เช่นเดียวกับนายประชา โพธิพิพิธ (กำนันเซียะ) อดีต ส.ส.กาญจนบุรี พรรคประชาธิปัตย์ ที่ถูกเล่นงานคดีฮั้วประมูล และนายสมชาย คุณปลื้ม (กำนันเป๊าะ) อดีตนายกเทศมนตรี จำเลยคดีทุจริตซื้อที่ดิน ต.เขาไม้แก้ว จ.ชลบุรี ที่ทุกวันนี้หลบหนีคดีหลังศาลพิพากษาให้จำคุก

8 พฤษภาคม นายวัฒนา เบิกความต่อศาลยืนยันความบริสุทธิ์ หากทำผิดจริงให้ลงโทษประหารชีวิต ซึ่งเป็นโทษสูงสุด และยืนยันด้วยว่าในวันพิพากษาจะมาฟังแน่นอน ไม่หลบหนีไปไหนเพราะไม่ได้ทำอะไรผิด

ทว่า 9 กรกฎาคม นายวัฒนา กลับไม่มารับฟังคำพิพากษาศาล ขณะที่ทนายบอกว่าติดต่อจำเลยไม่ได้ ทั้งที่เมื่อ 3 วันก่อนจำเลยโทรศัพท์ติดต่อยืนยันจะเดินทางมาฟังคำพิพากษา

นายวัฒนา ปรากฏตัวต่อสาธารณชนครั้งสุดท้ายวันที่ 29 มิถุนายน ในพิธีแต่งงานลูกชาย พล.อ.สนธิ บุญยรัตกลิน อดีตประธาน คมช. จากนั้น ก็มีข่าวว่า ได้หลบหนีไปอยู่ที่ปอยเปต ประเทศกัมพูชา

รายการคม-ชัด-ลึกตอน-คลื่นพายุซัด โอกาสเกิดในเมืองไทย ?

คำประกาศเตือนของ นายสมิทธ ธรรมสโรช ประธานกรรมการอำนวยการเตือนภัยพิบัติแห่งชาติ และอดีตอธิบดีกรมอุตุนิยมวิทยา ว่า อาจเกิดพายุซัดฝั่ง หรือ สตอร์ม เซิร์จ บริเวณอ่าวไทย