เมื่อวันที่ 6 พ.ย. 2550 พระธรรมโกศาจารย์ เจ้าอาวาสวัดประยุรวงศาวาส และอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย(มจร.) เปิดเผยว่า ทางวัดประยุรฯ ได้มีการค้นพบพระบรมสารีริกธาตุ พระทองคำ และพระพุทธรูปศิลปเชียงแสน อายุประมาณ 700 ปี พระพุทธรูปสมัยอยุธยา และรัตนโกสินทร์ตอนต้น ประมาณ 300 องค์ กระดานชนวนผูกดวงของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ที่มีคำพยากรณ์ระบุว่า ในปี พ.ศ. 2549 จะมีผู้ค้นพบพระบรมสารีริกธาตุ ภายในพระบรมธาตุมหาเจดีย์ที่กำลังมีการบูรณปฏิสังขรณ์ซึ่งมีอายุกว่า 180 ปี

เนื่องจากคณะสงฆ์ได้ขึ้นไปสำรวจ เพื่อหาพื้นที่ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุ ที่ได้อัญเชิญมาจากประเทศศรีลังกา แต่ก็ได้สังเกตเห็นความผิดปกติของปูนบริเวณหนึ่งภายในพระบรมธาตุมหาเจดีย์ จึงได้เจาะรูเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 1 เมตร เข้าไปดู ก็ได้พบกับพระบรมสารีริกธาตุและพระพุทธรูปล้ำค่าดังกล่าวที่ทำให้คณะสงฆ์ตื่นตะลึงเป็นอย่างมาก

พระธรรมโกศาจารย์ กล่าวต่อไปว่า พระบรมสารีริกธาตุ ที่ทางวัดได้ค้นพบมีลักษณะเป็นสีขาวนวลเหมือนงาช้าง คล้ายกับข้าวสารหัก บรรจุอยู่ในพระโกศรูปพระเจดีย์ ส่วนกระดานชนวนมีจารึกเป็นอักษรขอมและอักษรไทย ระบุถึงการบรรจุพระบรมสารีริกธาตุและพระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์ไว้ว่า "ได้ฤกษ์พระธรรมบรรจุพระเจดีย์ ในวันศุกร์ขึ้น 8 ค่ำ เดือน 8 ปีมะแม 1269 พระพุทธศาสนา 2450 เป็นส่วนกาลล่วงมา

และ 2549 เป็นส่วนอนาคต" ซึ่งเป็นคำทำนายล่วงหน้าเมื่อ 100 ปีผ่านมาว่า พระบรมสารีริกธาตุและพระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์จะบรรจุอยู่ในพระบรมธาตุมหาเจดีย์นี้ ระหว่างปี 2450 ถึงปี 2549 ก็นับว่า เป็นเรื่องแปลกที่วัดประยุรฯได้ดำเนินการบูรณปฏิสังขรณ์พระบรมธาตุมหาเจดีย์นี้ ตั้งแต่ปี 2549 จนเป็นเหตุให้มีการเปิดกรุครั้งนี้ ซึ่งสอดคล้องกับคำทำนายในกระดานชนวนอย่างน่าอัศจรรย์

"ตามบันทึกประวัติของวัดประยุรวงศาวาสวรวิหาร เชื่อกันว่าว่าวัดแห่งนี้มีพระบรมสารีริกธาตุประดิษฐานอยู่ แต่ตลอดระยะเวลากว่า 200 ปี ไม่เคยมีใครค้นพบและไม่ทราบว่าประดิษฐานอยู่บริเวณใดภายในวัด ซึ่งเมื่อปี 2549 ทางคณะกรรมการวัดได้ดำเนินการบูรณะปฏิสังขรณ์พระบรมธาตุมหาเจดีย์ โดยในขณะดำเนินการปฏิสังขรณ์นั้น ก็ไม่ได้มีการพบพระบรมสารีริกธาตุดังกล่าว

ในขณะเดียวกัน พระเถระในวัดต่างมีความคิดเห็นรวมกันว่า ต้องการให้ความเชื่อดังกล่าวเป็นจริง จึงได้เดินทางไปอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุจากประเทศศรีลังกามาประดิษฐาน เมื่อประมาณเดือนส.ค.ที่ผ่านมา เพื่อให้ประชาชนได้สักการะ และให้เป็นไปตามความเชื่อที่ระบุว่า วัดแห่งนี้มีพระบรมสารีริกธาตุจริง"พระธรรมโกศาจารย์ กล่าว

เจ้าอาวาสวัดประยุรฯ กล่าวอีกว่า ทางวัดจะอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุมาประดิษฐานคู่กับพระบรมสารีริกธาตุจากประเทศศรีลังกา ภายในพระพระวิหารพระพุทธนาค เพื่อให้ประชาชนได้สักการะบูชาและเมื่อบูรณะเจดีย์เสร็จแล้วจะอัญเชิญไปประดิษฐานไว้ในพระบรมธาตุมหาเจดีย์ตามเดิม ส่วนพระพุทธรูปที่ค้นพบนั้น ทางวัดจะทำการบูรณะพิพิธภัณฑ์ซึ่งอยู่บริเวณฐานของพระบรมธาตุที่เคยเป็นหอสมุดแห่งแรกของประเทศไทย

เพื่อนำพระพุทธรูปทั้งหมดไปประดิษฐานให้ประชาชนได้ศึกษาต่อไป อย่างไรก็ตาม การบูรณปฏิสังขรณ์พระบรมธาตุมหาเจดีย์ ทางวัดตั้งเป้าจะบูรณะให้แล้วเสร็จภายใน 300 วัน เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในวโรกาสทรงเจริญพระชนมพรรษา 80 พรรษา ใช้งบประมาณในการบูรณะ 10 ล้านบาท

ด้านนายธราพงศ์ ศรีสุชาติ ผอ.สำนักโบราณคดี กรมศิลปากร กล่าวว่า ขณะนี้ตนได้ทราบว่า ทางวัดประยุรได้มีการพบ พระบรมสารีริกธาตุ และพระพุทธรูปโบราณเป็นจำนวนมาก ดังนั้น ตนจึงได้ส่งเจ้าหน้าที่ไปร่วมตรวจสอบกับทางวัดว่า พระพุทธรูปที่พบนั้น เป็นพระพุทธรูปสมัยใด และมีอายุประมาณเท่าไหร่ เพื่อที่จะได้เตรียมจัดทำทะเบียนร่วมกับทางวัดต่อไป